VITAPCR^TM PLATFORM

VITAPCR TECHNISCHE SPEZIFIKATIONEN

Abmessung, Gewicht, Stromversorgung, Farb-Touch Display, Fluoreszenzkanäle, Anzahl der Probenwells, Lagerung, Betriebsumgebung, Netzteil

LEISTUNGSMERKMALE

Analytische Empfindlichkeit (Nachweisgrenze)
Limit of Detection (LoD) -Studien bestimmen die niedrigste nachweisbare Konzentration, bei der ≥ 95% (19/20) der Replikate positiv sind. In der LoD-Bestimmungsstudie wurde die in vitro transkribierte SARS-CoV-2-RNA (N-Gen, Vollänge) verwendet.
Diese RNA Stammlösung wurde mit Probensammelpuffer (SBC), der aus einer negativen klinischen Matrix besteht, auf einen bekannten Titer (RNA-Kopien / μl) verdünnt, um eine klinische Probe nachzuahmen. Die Probenanalyse wurde nach dem Standardverfahren mit dem VitaPCR SARS-CoV-2-Assay gemäß den Gebrauchsanweisungen durchgeführt.
Diese Daten zeigten, dass der VitaPCRTM-SARS-CoV-2-Assay 2,73 Kopien / μl SARS-CoV-2-RNA-Transkripte mit einer Sicherheit von ≥ 95% nachweist. Diese Konzentration dient daher als Nachweisgrenze.

Analyse der Spezifität (Kreuzreaktivität)
Die genannten Organismen wurden in dieser Studie in drei Wiederholungen getestet. Um zu demonstrieren, dass das Gerät spezifisch für SARS-CoV-2 ist, wurde ein hoher Anteil dieses Organismus (106 CFU/ ml für Bakterien und 105 TCID50 / ml für Viren) in den VitaPCR SARS-CoV-2-Assay gegeben. Die humane A549-Zelllinie diente als Standardmatrix und wurde unter dem gleichen Bedingungen getestet, um falsch positive Testergebnisse auszuschließen.

In Silico Spezifitätsanalyse (Kreuzreaktivität)
Die BLASTn-Analyse wurde mit dem Primer und der Sonde des VitaPCR SARS-CoV-2-Assays gegen alle öffentlich verfügbaren Nukleinsäuresequenzen in der GenBank (Stand 06. März 2020) durchgeführt. Die Nukleotidsammlung besteht aus GenBank-, EMBL-, DDBJ, PDB und RefSeq-Sequenzen , schließt jedoch EST, STS, GSS, WGS, TSA, Patentsequenzen sowie HTGS-Sequenzen der Phase 0, 1 und 2 und Sequenzen mit einer Länge von mehr als 100Mb aus. Die Suchparameter wurden automatisch für kurze Sequenzen angepasst und der erwartete Schwellenwert betrug 1000. Die Match- bzw Mismatch-Scores sind 1 bzw. -3, für Gaps und Erweiterung eines Gaps wird ein Score von -5 bzw. -2 vergeben.

Die Sequenzen von forward und reverse Primer zum Nachweis spezifischer SARS-CoV-2-RNA zeigt eine hohe Sequenzhomologie zu Bat-Coronavirus. Die Sequenz der Sonde zeigt jedoch keine Sequenzhomologie mit SARS-Coronavirus, bat-SARS-like Coronavirus und anderem Coronavirus-Genom (außer bat-Coronavirus RaTG13) oder dem menschlichem Genom. Bei Kombination von Primern und Sonde werden keine möglichen falsch positive RT-PCR-Ergebnisse vorhergesagt.

Die Detektion von universeller SARS-like RNA wurde so entwickelt, dass SARS-CoV-2, humanes SARS Coronavirus und bat-SARS-like Coronavirus detektiert werden, aber keine siginifikante Homologien mit dem humanen Genom, oder anderen humanen Coronaviren oder SARS Coronaviren bestehen, um so potentiell falsch positive RT-PCR Ergebnisse zu verhindern.

Wenn daher ein spezifischer SARS-CoV-2-Primer / Sondensatz und ein universeller SARS-like Primer / Sondensatz in einer Multiplex-RT-PCR kombiniert werden, werden keine falsch positive RT-PCR-Ergebnisse erwartet.

Studie über endogene Interferenzsubstanzen
Um zu zeigen, dass die Funktion des VitaPCR SARS-CoV-2-Assays auch in Gegenwart üblicher endogener Substanzen gegeben ist wurden verschiedene Störsubstanzen getestet. Diese wurden einer 2x LoD-positiven Proben zugesetzt, um festzustellen, ob es unerwartete Ergebnisse gab. Jeder Test wurde in drei Wiederholungen durchgeführt.

Interfering Substances: Table below for evaluation of interfering substances for the ability to generate false positive resuts

Interfering Substances: Table below for evaluation of interfering substances for the ability to generate false positive resuts

Klinische Leistung
Aufgrund der Schwierigkeit, klinische Proben von mit SARS-CoV-2 infizierten Patienten zu erhalten, wurden die Leistungsmerkmale des VitaPCR SARS-CoV-2-Assays unter Verwendung von künstlich hergestellten klinischen Proben bewertet. Die in vitro transkribierte SARS-CoV-2-RNA (N-Gen, Vollänge) wurde in diesem Test verwendet.

Dieser RNA-Stammlösung mit bekanntem Titer (RNA-Kopien / μl), wurde auf verschiedene Konzentrationen verdünnt, um 30 einzelne negative Nasopharyngeal- (NP) oder Oropharyngeal- (OP) Abstrich mit verschiedenen RNA-Konzetrationen zu versetzen . Sie wurden blind randomisiert und mit Probensammelpuffer (4 ml) versetzt. 20 NP oder OP Abstriche wurden mit 1,5 × LoD, 5 mit 3 × LoD und 5 mit 5 × LoD versetzt. Weitere 30 einzelne negative NP oder OP Abstriche wurden nicht mit Probenmaterial versetzt. Kurz gesagt, wir haben entweder NP oder OP Abstriche mit erfundene Proben mit RNA-Stammlösung in verschiedenen Konzentrationen versetzt und dann diese Versuche mit dem VitaPCR SARS-CoV-2-Assay analysiert. Alle 60 Proben wurden blind und randomisiert an unvoreingenommene Bediener übergeben, um mit dem VitaPCR SARS-CoV-2-Assay die positive prozentuale Übereinstimmung (PPA), negative prozentuale Übereinstimmung (NPA) und die allgemeine prozentuale Übereinstimmung als Maß der diagnostischen Genauigkeit zu bestimmen.